新修订的《刑事诉讼法》第279条对刑事和解程序的适用阶段做出了明确性规定，即可适用在侦查阶段、审查起诉阶段以及审判阶段。

    侦查阶段。刑事和解对诉讼程序起着繁简分流的作用，将一些轻微刑事案件通过刑事和解程序解决可以节省大量司法资源，运用刑事和解程序越早越能够节约司法资源，提高司法实践效率，也能为加害人和被害人减轻诉累，因此在侦查阶段运用刑事和解程序能使加害人和被害人尽早化解矛盾、解决刑事纠纷，修复被破坏的社会关系。然而有些学者认为在侦查阶段适用刑事和解，可能会出现权力滥用的后果。为防止侦查机关权力滥用，陈光中教授认为，在侦查阶段应当赋予公安机关对少量刑事案件达成和解的审查处理权，将案件限定在可能判处徒刑以下刑罚的有被害人案件，以轻伤害案件、交通肇事案件等和解可能性较大的案件为重点。 针对此种顾虑，新《刑事诉讼法》第279条明确提出对于达成刑事和解协议的案件，公安机关只有向人民检察院提出从宽处理意见的权力，在刑事和解案件中没有撤销案件的权利，能够从一定程度上防止侦查机关滥用职权。在侦查阶段适用刑事和解程序可能存在三种形式：当事人双方自行和解，在第三方调解的情况下达成和解，在侦查机关的调解下达成和解。对于前两种形式，由于一般是当事人双方在“私下”进行和解，不在侦查机关的有效控制范围之内，因此，如果刻板的要求和解必须在侦查终结之后才能进行，有可能会使和解错失良机。如果当事人双方或者一方申请在侦查机关的主持下进行和解，考虑到侦查的目的和性质，案件应在犯罪事实基本清楚的清楚下才启动刑事和解，这样可以让侦查机关做到心中有数，避免偏听偏信，确保和解的客观公正。因此将刑事和解定位在案件侦查结束之后具有一定的合理性、科学性。综上所述，对于案件在侦查阶段的哪一环节适用刑事和解应做到具体问题具体分析，对于当事人双方自行和解或在第三方调解的情况下达成和解的，在案件发生后的任何环节都可以，但是应当及时向侦查机关提交达成的和解协议，经过其严格的审查确认后，侦查机关决定是否依和解协议向人民检察院提出从宽处理的建议。对于当事人双方或者一方向侦查机关申请和解的案件，一般应在案件基本侦查结束、案件情况基本清楚之后再决定是否适用刑事和解程序。

    审查起诉阶段。刑事案件经过侦查阶段到审查起诉阶段，案件的基本事实已经清楚，案件的承办人对案件进行审查，对符合刑事和解条件的案件向部门负责人提交审查结果，部门负责人对案件进行复审，如案件可以适用刑事和解其应向检察长提出适用刑事和解的建议，经检察长批准认为可以适用刑事和解程序的，诉讼程序中止；如果不适用和解程序，则退回原承办人恢复常规的审查程序。适用刑事和解程序的，承办人应及时告知当事人刑事和解的程序、含义、影响以及产生的法律后果等情况，双方当事人应自愿选择是否同意适用刑事和解程序。如果当事人都同意且达成和解协议的，人民检察院要对和解协议的真实性和合法性进行审查，并依照该和解协议和案件的实际情况做出是否起诉的决定，不能退回侦查机关将案件撤销。如果人民检察院经审查认为应当追究犯罪嫌疑人、被告人的刑事责任的，可以向人民法院提出从宽处理的量刑建议。对于人民检察院做出的不起诉决定，被害人应享有提出异议和申诉的权利，同时本级人民检察院应向上级人民检察院提出备案，接受检委会的监督。对于在审查起诉阶段达成的和解协议的履行，人民检察院应当对其进行依法监督。如果对于检察院做出不起诉决定的案件，加害人不履行或者不完全履行和解协议的，人民检察院可以撤销不起诉的决定，重新启动普通的诉讼程序追究加害人的刑事责任；对于检察院向人民法院提出从宽处理建议，且审判机关已经采纳其意见的已决案件，加害人不履行和解协议的，被害人可以就和解协议向人民法院申请强制执行。 在审查起诉阶段运用刑事和解程序有利于缓解法院的审判压力，减少司法审判对犯罪嫌疑人、被告人的心理冲击，符合加害人顺利回归社会的目的。在审查起诉阶段适用刑事和解，不仅能保证案件的依法处理，而且能最大限度的实现案件的诉讼分流，提高司法效率，节约司法资源，能最大限度地保障被害人的利益，兼顾多方利益的平衡，为实现刑事和解的价值和促进法治和谐提供了有效的途径。

    审判阶段。在审判阶段，符合刑事和解程序适用条件和范围的案件双方当事人可以进行和解，加害人通过赔礼道歉、赔偿损失等方式得到被害人谅解的，法院对刑事和解协议进行全面审查，并根据案件的实际情况对加害人作出从轻、减轻或者免除刑事处罚的判决。加害人对判决结果不满意可以提出上诉，被害人也有权请求人民检察院提起抗诉，人民检察院也可以依职权提出抗诉。案件在审判阶段刑事和解程序适用的流程通常是：法官在和解过程中会敦促被告人真诚悔罪、对被害人积极赔偿尽量得到被害人的谅解，同时也会根据犯罪嫌疑人、被告人在和解过程中的表现如是否积极赔偿、赔偿数额以及被害人的满意程度来确定犯罪嫌疑人、被告人在判决中是否免除刑罚或者从宽处理的程度。审判阶段适用刑事和解的实践中，法官为提高结案率，通常在量刑时不注重加害人是否真诚悔罪而是将量刑的依据局限在加害人是否积极赔偿和被害人是否满意上面，刑事和解在某种程度上演变成了“赔偿即从宽”的模式，陷入“花钱赎刑”的泥潭，因此审判阶段适用刑事和解应对和解进行全面严格的审查，避免影响司法公正、正义的实现。